Με την ένταξη της Ελλάδας στην Ευρωπαϊκή Κοινότητα στις αρχές της δεκαετίας του 80, παρουσιάστηκε ως επιτακτική ανάγκη η αναπροσαρμογή της οργανωτικής δομής της αγροτικής έρευνας. Έτσι, το 1989 άρχισε μια νέα περίοδος με την ίδρυση του Εθνικού Ιδρύματος Αγροτικής Έρευνας (ΕΘΙΑΓΕ) ως εθνικού φορέα έρευνας και τεχνολογίας στον αγροτικό χώρο και την ίδρυση Ινστιτούτων με στόχευση την αξιοποίηση της Αγροτικής Έρευνας και Τεχνολογίας μέσω σύγχρονων, λειτουργικών και ευέλικτων δομών. Το 2011, το ΕΘΙΑΓΕ συγχωνεύθηκε με τον Οργανισμό Γεωργικής Επαγγελματικής Εκπαίδευσης, Κατάρτισης και απασχόλησης (ΟΓΕΕΚΑ) − «ΔΗΜΗΤΡΑ», τον Οργανισμό Πιστοποίησης και Επίβλεψης Γεωργικών Προϊόντων (Ο.Π.Ε.ΓΕ.Π – AGROCERT) και τον Ελληνικός Οργανισμό Γάλακτος και Κρέατος (ΕΛ.Ο.ΓΑΚ) για την ίδρυση του Ελληνικού Γεωργικού Οργανισμού – ΔΗΜΗΤΡΑ (ΕΛ.Γ.Ο. – ΔΗΜΗΤΡΑ). Η διαδικασία αυτή είχε ως αποτέλεσμα τη σημαντική μείωση των ερευνητικών μονάδων του πρώην ΕΘΙΑΓΕ, καθώς Ινστιτούτα με παρόμοιες ή επικαλυπτόμενες δραστηριότητες ενοποιήθηκαν. Σήμερα, οι εναπομείνασες 11 ερευνητικές μονάδες (Ινστιτούτα) υπάγονται στην Γενική Διεύθυνση Αγροτικής Έρευνας του ΕΛΓΟ-ΔΗΜΗΤΡΑ.
Το Ινστιτούτο Αλιευτικής Έρευνας, το οποίο λειτουργεί πλήρως από το 1995, ήταν και το τελευταίο που εντάχθηκε στο ΕΘΙΑΓΕ. Λόγω του γεγονότος ότι είναι το μοναδικό ινστιτούτο στην Ελλάδα με αποκλειστική εξειδίκευση στην αλιεία, οι δομή του και οι δραστηριότητές παραμένουν στον ΕΛΓΟ-ΔΗΜΗΤΡΑ ως είχαν και στο ΕΘΙΑΓΕ. Το ΙΝΑΛΕ έχει διαχειριστεί πληθώρα ερευνητικών έργων (Εθνικών κα Ευρωπαϊκών) με συνολικό προϋπολογισμό που υπερβαίνει τα 25 εκατομ. Ευρώ.
Από το 1995 και έως τη συνταξιοδότησή του τον Ιανουάριο του 2017, Διευθυντής του Ινστιτούτου διετέλεσε ο Δρ. Αργύρης Καλλιανίωτης. Έκτοτε, χρέη Διευθυντή εκτελεί ο Δρ. Γρηγόρης Κρέη.
.
