Ο Δρ Μάνος Κουτράκης, Βιολόγος – Ιχθυολόγος, είναι μέλος του ερευντητικού προσωπικού του ΙΝΑΛΕ από το 1996. Από το 2011 είναι Διευθυντής Ερευνών (Α΄ βαθμίδας) και από το 2017 Επιστημονικά Υπεύθυνος του Εθνικού Προγράμματος Συλλογής Αλιευτικών Δεδομένων (ΕΠΣΑΔ), ενώ από το 2019 μέλος της Επιστημονικής Επιτροπής του Φορέα Διαχείρισης της προστατευόμενης περιοχής «Δέλτα Νέστου-Βιστωνίδας-Ισμαρίδας» (Εθνικό Πάρκο Ανατολικής Μακεδονίας & Θράκης). Τα τελευταία 35 χρόνια ασχολείται με θέματα που αφορούν την βιοποικιλότητα της ιχθυοπανίδας, τη βιολογία ευρύαλων ειδών και την αλιευτική βιολογία, την αλληλεπίδραση κητωδών με την αλιεία, τα δεκάποδα εσωτερικών υδάτων, την οικο-υδρολογία και τη διαχείριση λιμνοθαλασσών καθώς και την Ολοκληρωμένη Διαχείριση Παράκτιων Ζωνών.

Οι επιστημονικές του δημοσιεύσεις είναι περισσότερες από 350, 65 από τις οποίες σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά που περιλαμβάνονται στο Science Citation Index. Το δημοσιευμένο έργο του έχει δεχθεί περισσότερες από 2.000 αναφορές (https://scholar.google.gr/citations?user=usMLIB4AAAAJ&hl=el). Συμμετέχει στην Επιστημονική Επιτροπή για Τεχνικά και Οικονομικά Θέματα της Αλιείας της Ευρωπαϊκής Επιτροπής (STECF-EWG), στην Επιστημονική Επιτροπή της UNESCO για την Οικο-υδρολογία, στο Working Group on Fish Passage Best Practices (EIFAC), στο Ειδικό Μητρώο Εμπειρογνωμόνων του Υπουργείου Ανάπτυξης, στη Συμβουλευτική Επιτροπή για την εισαγωγή ξενικών ειδών στην υδατοκαλλιέργεια, στο Μητρώο Αξιολογητών του Ι.Κ.Υ, κ.ά.